用于补充的益生菌一般是含有活的有益微生物的补充剂或增强食品，例如含乳酸菌的酸奶。补充益生菌的目的是为了增强身体中有益细菌的种类和数量，益生菌可以抑制有害细菌并减少感染。
关于益生菌对人体的好处，有很多研究的资料。然而，对儿童而言——尤其是比较小的宝宝，研究证据比较充分且补充后真的有益的，只有两种情况：
1、严重腹泻，尤其是急性病毒性腹泻，造成了大量益生菌的丢失，此时需要补充益生菌，一方面可以减少腹泻持续时间，另一方面则帮助重新建立肠道微生态平衡。
2、长期食用抗生素，后果就是好菌坏菌都被杀得奄奄一息，因此需要补充益生菌已重新建立肠道菌群平衡。
益生菌的其他功能例如防过敏、湿疹、皮炎、肠道疾病等，都还没有确凿的证据支持。
益生菌也并非可以长期随便补充，这样做可能使肠道产生依赖，从而令其逐步丧失自身繁殖有益菌的能力。要想长久维持肠道菌群健康平衡，最好的办法是健康饮食，用有益的食物（例如多吃新鲜水果蔬菜，减少精制碳水化合物等）促进益生菌生长而“饿死”过量的有害菌。
